Pierre Auger est Directeur de Recherche émérite à l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD). Pierre Auger est membre de l’Académie des Sciences de France dans la section de biologie intégrative. Il est président depuis 2017 du Comité pour les Pays en Développement (COPED) de l’Académie des Sciences.

Le domaine de recherche de Pierre Auger concerne la modélisation mathématique des systèmes biologiques. Le travail de recherche de Pierre Auger a consisté à développer des méthodes mathématiques originales fondées sur l'existence de plusieurs échelles de temps associées aux processus se déroulant dans les différents niveaux d'organisation des systèmes biologiques pour construire un modèle réduit. Il s'agit pour l'essentiel de méthodes d'agrégation de variables dans les systèmes dynamiques. Les modèles “agrégés” constituent un outil efficace pour étudier les interactions entre niveaux d’organisation et les phénomènes d’émergence et touvent de nombreuses applications en dynamique des populations et en écologie.

En collaboration avec l’Institut national de recherche halieutique au Maroc (INRH), Pierre Auger a modélisé la dynamique des pêcheries de sardines sur la façade Atlantique du Maroc. Lors de son expatriation au Sénégal, il a également travaillé en collaboration avec le CRODT (Centre de Recherche Océanographique de Dakar-Thiaroye) à la modélisation des pêcheries de « thiofs » qui est une espèce de mérou sur-exploitée au Sénégal. Pierre Auger s’est particulièrement intéressé au développement de nouveaux modèles bio-économiques de pêche prenant en compte la variation du prix de la ressource sur le marché sous l’effet de l’offre et de la demande. Il a montré avec son équipe que la dynamique de prix pouvait conduite à la sur-exploitation des espèces allant même jusqu’à la disparition totale du stock avec une pêche intensive jusqu’au dernier poisson résultant d’un prix ne cessant d’augmenter sur le marché. Il a contribué à la modélisation des effets de divers dispositifs comme les aires marines protégées et les récifs artificiels sur la dynamique globale d’une pêcherie permettant d’éviter une situation de sur-exploitation en mettant en place une pêcherie durable.

Pierre Auger a récemment contribué à la modélisation mathématique en épidémiologie plus particulièrement sur les effets des mesures de protection non pharmaceutiques et de confinement sur la dynamique de l’épidémie de Covid-19. Il a montré avec son équipe les conditions permettant de générer un effet « Allee » permettant de provoquer la disparition de l’épidémie.